Python

Dr Janusz Jabłonowski, UW

ZOOM meetings on Fridays, 12.00 to 16.00

March 5, 12, 19, 26; April 2, 9, 16, 23, 30; May 7, 14, 21, 28; June 4, 11, 18

Link is available at Students Portal

Bioinorganic Chemistry

Prof. dr hab. Wojciech Bal, IBB PAN

ZOOM meetings on Mondays, 09.00 to 12.00
Lectures are scheduled for: March 1, 8, 15, 22, April 12, 19, 26, May 10, 17, 24

Link is available at Students Portal

Biologically Active Peptides  

room E, 09:00 am

March 2, 2020

Dr Arkadiusz Bonna

"Introduction to Amino Acids and Peptides."

March 9, 2020

Dr Tomasz Frączyk

"Peptides Activity Studies – General Methods."

March 16, 2020

Dr Arkadiusz Bonna

"Peptide-Protein TANGO”  – Prediction of Sequence-Dependent Effect on the Aggregation 

of Peptides and Proteins, and its consequences."

March 23, 2020

Dr hab. Simon Drew, IBB PAS

"Peptides in Neurodegenerative Diseases."

March 30, 2020

Dr Monika Wojciechowska, CeNT

"Peptide Nucleic Acids (PNA)."

April 6, 2020

Prof Adam Lesner, University of Gdańsk

"Conjugate Peptides as Novel Therapeutic Agents for Sepsis. Bladder cancer detection using a peptide. Design of Substrates Spanning Primed Positions of Zica Virus Protease."

April 20, 2020

Dr Tomasz Frączyk

"Peptide Modifications"

April 28, 2020 (Tuesday)

Prof Silvia Marchesan, University of Trieste

"Chirality and Self-assembled Peptides."

Biophysics for Biologists (B4B),

room E, 09:00

Structure and organization of matter - basic information

1. 8.10.2018   

Andrzej Dziembowski, IBB PAS/University of Warsaw

Biophysical analysis of biological macromolecules starts with the biochemistry– an introduction

2. 15.10.2018  

Jarosław Poznański, IBB PAS

Without a basic knowledge about properties of macromolecules, a biologist will be unable to conduct a biophysical experiment – an introduction

Optical methods:

3. 22.10.2018

Wojciech Bal, IBB PAS

• What's there between physics and biology?

• UV-VIS and CD spectroscopy in biology

4. 5.11.2018  

Jacek Waluk, IFCh PAS

Fluorescence, Raman, and IR spectroscopies

Thermodynamic methods:

5. 19.11.2018   

Tomasz Frączyk, Medical University of Warsaw 

Isothermal titration calorimetry (ITC) and differential scanning calorimetry (DSC)

6. 26.11.2018

Jaroslaw Poznanski, IBB PAS

Thermal shift assay (former DSF - Differential Scanning Fluorimetry) and Microscale thermophoresis (MST) – fast and efficient methods for screening intermolecular interactions 

7. 3.12.2018  

Krzysztof Skowronek, IICMB, Warsaw 

Surface Plasmon Resonance. Real-time stain-free interaction analysis

Structural methods:

8. 10.12.2018  

Honorata Czapinska / Matthias Bochtler, IICMB/IBB PAS, Warsaw

Macromolecular crystallography

9. 17.12.2018  

Konrad Zdanowski, IBB PAS/University of Natural Sciences and Humanities, Siedlce

Adventures with NMR spectroscopy of proteins and smaller molecules

10. 7.01.2019 

Simon Drew, IBB PAS/University of Melbourne

Electron paramagnetic resonance – Principles and applications to chemical and biological systems

11. 14.01.2019 

Marcin Nowotny, IICMB, Warsaw

Cryo-electron microscopy - revolution in structural biology

12. 21.01.2019 

Michał Dadlez, IBB PAS

Mass spectrometry in structure and dynamics studies of proteins and their complexes 

13. 28.01.2019 

Maciej Kozak, UAM Poznan

Applications of SAXS in biophysics and structural biology

14. 11.02.2019 

Piotr Zielenkiewicz, IBB PAS

Molecular modeling 

15. 18.02.2019

Małgorzata Lichocka, IBB PAS

Imaging Molecular Interactions in Living Cells

Applied Molecular Biology, room E, 09:00

19.03.2018 

Magdalena Kowalczyk, Jacek Bardowski, Agnieszka Szczepankowska 

Lactic acid bacteria - from basic research to innovative applications. 

9.04.2018 

Róża Kucharczyk

ATP synthase defects in diseases – what we have learnt from yeast model

16.04.2018 

Barbara Tudek

Molecular markers for cancer diagnosis and selection of anticancer therapy

23.04.2018 

Magdalena Krzymowska, Jacek Hennig 

Molecular breeding

14.05.2018 

Jan Gawor

Advances in genome sequencing technologies

21.05.2018 

Mirosław Tyrka

Next Generation Sequencing technologies for gene discovery

28.05.2018 

Beata Burzyńska

Transcriptomic biomarkers of cardiovascular disease

4.06.2018 

Małgorzata Łobocka

Progress in the engineering of bacterial and bacteriophage genomes and in the construction of artificial life

Exam planned on June 11, 2018, hall E

Program wykładów semestr zimowy 2017/2018

„Biologia molekularna eukariontów – nowe odkrycia i trendy badawcze”

sala E, godz. 9:00

Inne RNA, transkrypcja i procesowanie

Translacja białek

Ubikwitynacja i degradacja białek

Cykl wykładów zakończy sie egzaminem

Program wykładów semestr zimowy 2016/2017

„Patologia molekularna wybranych chorób genetycznie uwarunkowanych” 

(Zakład Genetyki Medycznej Instytutu Matki i Dziecka)

Wykłady odbędą się w sali E, godz. 10:00

Test z wykładów - 30.01.2017

Materiały do wykładów: 

a) diagnostyka molekularna

b) Zespół łamliwego chromosomu X

c) Heterogenność genetyczna

d) Pęcherzowe odrdzielanie się naskórka

e) Metody analizy DNA

f) Metody analizy DNA cz. II

g) Mukowiscytoza

h) Neurofibromina

i) Neurofibromina 2

j) Piętnowanie

k) Rasopatie

l) Aspekty genetyczne dziedzicznej postaci niedosłuchu

m) Rekombinacja niehomologiczna jako przyczyna rdzeniowego zaniku mięśni

n) Analiza genetyczna dziedzicznych chorób metabolicznych

o) Niepełnosprawność intelektualna

p) Zasady i metody ....

r) Zespoły chorobowe ....

s) Zespoły padaczkowe

Wykłady, 2015/2016

Semestr letni:

22.01.2016, godz. 16:00 sala 7 - Prof. dr hab. J.M. Bujnicki "Computational modeling of protein and RNA structures" 

07.03.2016, godz. 13:00, MIBMiK - Prof. Agnieszka Chacinska

21.03.2016, godz. 13:00, MIBMiK - Dr hab. Marcin Nowotny - "CRISPR - mechanism and applications"

04.04.2016, godz. 13:00, MIBMiK - Prof. Jacek Kuznicki - "Calcium in health and brain diseases - part 1"

11.04.2016, godz. 13:00, MIBMiK - Prof. Jacek Kuznicki - "Calcium in health and brain diseases - part 2"

18.04.2016, godz. 13:00, MIBMiK prof. Jacek Jaworski - "Cytoskeleton dynamics and cytoskeleton based transport"

25.04.2016, godz. 13:00, MIBMiK - prof. Jacek Jaworski - "Cytoskeleton dynamics and cytoskeleton based transport"

09.05.2016, godz. 13:00, MIBMiK - Prof. Marta Miaczynska - "Basic principles of intracellular membrane trafficking"

16.05.2016, godz. 13:00, MIBMiK - Prof. Marta Miaczynska - "Endocytosis: mechanisms and functions"

23.05.2016, godz. 13:00, MIBMiK - Marcin Nowotny - "Modern methods of single particle electron microscopy"

Semest zimowy

"Introduction to macro-molecular crystallography "

Prowadzący prof. Matthias Bochtler

November 16th, 9:30  Introduction to high resolution structure determination methods, diffraction based methods in particular

November 16th, 10:30  Crystal growth, crystal symmetry, Bravais lattices, space groups

November 23rd, 9:30  Diffraction physics, determining Bravais lattice and space group from diffraction data

November 23rd, 10:30 Data integration and scaling

November 30th, 9:30  Reciprocal space, Fourier transforms, experimental phasing

November 30th, 10:30: Molecular replacement

December 14th, 9:30  Model building and refinement

December 14th, 10:30 Data validation, data deposition

"Zastosowanie sekwencjonowań nowej generacji w badaniach naukowych"

czas trwania: poniedziałek 25.05.-22.06.2015

Sala E

1. Mgr Jan Gawor  - "Strategie sekwencjonowania małych genomów" (25.05.2015, g.12:00)

2. Dr Rafał Archacki - "Real-time PCR" (01.06.2015, g.12:00)

3. Mgr Anna Fogtman IBB PAN - "RNA-seq, ChIP-seq"  (08.06.2015, g. 12:30)

3. Dr Bartłomiej Wilczynski - "Analiza danych z Sekwencjonowania RNA-seq" (15.06.2015, g. 11:30)

4. Dr Bartłomiej Wilczynski - "Analiza danych z Chipseq" (22.06.2015, g.12:00)

"Bioenergetyka komórki ssaczej" 

czas trwania: poniedziałek 09.03.-27.04.2015

Sala E, godz. 12:00

Program wykładów:

1. Profesor Lech Wojtczak - „Historia badan nad mitochondriami, struktura mitochondriów i oksydacyjna fosforylacja”,

2. Dr hab. Joanna Szczepanowska - „Stres mitochondrialny w starzeniu i chorobach neurodegeneracyjnych”,

3. Dr hab Mariusz Wieckowski  - "Oddzialywania mitochondriów z innymi strukturami wewnątrzkomorkowymi i rola tych        oddzialywan w przekazywaniu sygnału”,

4. Dr Magdalena Lebiedzinska-Arciszewska - „ Apoptoza i mitoptoza”.

5. Dr Michal Wasilewski - "Biogeneza i homeostaza mitochondriów"

6. Profesor Agnieszka Chacinska - "Mitochondria jako centra komunikacyjne"

Metody wielkoskalowe (genomiczne, transkryptomiczne i proteomiczne) w badaniach podstawowych i aplikacyjnych

Czas trwania: poniedziałek od 13.10.2014 do 01.12.2014

Sala E, godz. 14:00

Program seminarium